太极内功在临床上的应用，从它的锻炼步骤来说，其适应范围是很广泛的。过去虽然也用此法治疗不少患者，但未做病历记载。用于临床还只是近几年的事情。虽仅几年的时间，从临床治疗效果上看是令人满意的，它对许多慢性病都有效，并以高血压、神经衰弱等症效果最好。
由于太极内功之功法较复杂，步骤较多，兼以动静相兼，各步功法有各步的要求，所以在临床应用中可根据具体情况，采用功法中的一步、一个姿势或一个意守法或一个呼吸法，进行实验观察。
太极内功的姿势，一般可按下列原则选用：
（一）卧式为主
适用于身体虚弱、年老气衰及重病者，胃下垂、胃溃疡、十二指肠球部溃疡、心脏病（冠心病、风心病）、肺结核、高血压、脑动脉硬化症、脑血栓形成后遗症、植物神经功能失调、失眠等症均以卧式为主，辅以坐式和靠坐式。
（二）坐式为主
适用于一般病情较轻，体质尚好，或经过卧式治疗有一定效果者。坐式可与卧式、站式配合。另外，神经衰弱、遗精、阳萎、关节炎、月经不调、附件炎、风湿症等病症都可采用坐式，
（三）靠式为主
主要治疗较重的高血压患者、脑血栓形成后遗症的半身不遂和较重的神经衰弱和失眠患者。辅以卧式和站式。
（四）站式为主
适用于身体较好，病情较轻、疾病单纯的患者，神经衰弱、失眠症、高血压、早期脑动脉硬化都适用，配合抓闭呼吸治疗遗精、阳萎、早泄效果最好，可以固精养身。辅以坐式和卧式。
在姿势的运用上不可机械固定，而是依照病情、体质、锻炼目的等不同灵活运用。运用中既要使病人感到j舒适自然，又要达到锻炼要求。练功的势式和疾病的关系是相对的，不是不可变的。一种功法可以治疗一种疾病，也可以治疗许多种疾病；一种疾病可以用一种功法治疗，也可以采取多种功法治疗，这就是功法上的临床辨证施用。
此外，太极内功还有它独特的系统锻炼方法，这就是除了治疗上可以灵活选用功法外，在用于强身保健、增强太极拳技击能力方面，又必须严格遵循锻炼步骤，由低到高，循序渐进，逐步提高。
大极内功的呼吸，也是分步炼习。在临床应用中，可依据病情、病种、体质等灵活选择。如果是用于保健强身或增强拳术技击能力，必须按规定依次锻炼。太极内功操作法中介绍了七种呼吸法，即自然呼吸法、导引运气法、抓闭呼吸法、喉头呼吸法，意识呼吸法、内转呼吸法、沉气呼吸法。这七种呼吸法除沉气呼吸法外，另六种呼吸法是太极内功锻炼中由浅入深的六个不同阶段。在临床上，可根据病情任选一种呼吸方法进行练习，不必逐一都练习。如沉气呼吸法，可以做为各种功的准备呼吸，适用于初期练功者、老年虚弱者。各种病症均可选用这种呼吸方法，而它又主要治疗高血压、脑动脉硬化、神经衰弱等。经临床实验证明，这种沉气呼吸法对高血压症有满意的疗效。
导引运气法可以治疗溃疡病、胃下垂、植物神经功能失调、失眠、关节炎、高血压等，对失眠有较好的疗效。
抓闭呼吸法主要治疗阳萎、遗精、早泄、胃下垂等。内转呼吸法可以治疗消化不良、肠炎、月经不调、附件炎等。导引、抓闭、喉头、内转等呼吸法又可以做为巩固疗效强壮身体之用。总之，对呼吸、姿势的运用，要根据辨证施治的原则，结合临床具体情况灵活掌握。
太极内功的意守要与姿势、呼吸法相结合，尤其是与呼吸方法结合最为重要。因为气离不开意来引导，而意又无时无刻的不在领气，意气相依不可分离。它的运用原则和呼吸方法基本相同。如高血压患者采用意守解溪法或涌泉法，失眠患者采用命门连线意守法，遗精、阳萎患者采用意守命门法、妇女病症采用意守前丹田（关元）法。带功练拳、技击采用神通于背和意守上丹田法等。
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