疾病以形成脉及习气的形式，潜伏驻留于阿赖耶识中。疾病的发生是由于无明和我执所累积的有害业力。疾病会现前，则是由于烦恼、概念思维、风息(气)、或是神祗鬼魔等等影响。疾病成熟的果即是四百零四种病，这些病以热、寒、痰、痛和肿为首。简言之，俱生无明的疾病是主要的“因”，而遍计无明(概念性无明)的疾病则是主要的“缘”。
所有的疾病都具备五种元素：潜在的基础、有害业力为主因、烦恼为助缘、概念思维为连接链、风息(气)为最后装配工、神魔为辅助要素。
举例来说，如果出现了寒病，此病是由于潜存在阿赖耶识的贪欲习气所成，然后被强烈欲望之缘启动而出现：连接链则是概念思维：“我病了!我是残废!如果情况更糟的话，该怎么办呢?”这会使得下行气的功能失调，让你暴露于阴魔邪恶力的攻击。
同样的，愤怒的种子为因，被连结着概念思维的盛怒之缘所启动，这使得随火的风息的功能失调，让你暴露于阳魔邪恶力的攻击，引生热病。
愚痴的种子为因被强烈愚痴之缘所启动，又与概念思维的环链连结上，这使得“等住气”功能失调，让你易于被邪恶的“地灵”所攻击，引发粘液疾病。
嫉妒的种子为因，被强烈妒忌为缘所启动，又与概念性思维的环链连结上，这使得“上行气”功能失调，让你易于被妖精妖怪的邪恶影响力所攻击，引生疼痛的疾病。
傲慢的种子为因，被强烈自负之缘所启动，又与概念性思维的环链连结上，这使得“遍行气”的功能失调，让你易于被非人鬼类的邪恶影响力所攻击，引生肿胀的疾病。
—印光大师《学医发隐》等文
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